8 февраля (28 января - по старому стилю) 1724 года был издан именной указ Правительствующего Сената "Об учреждении Академии". В подготовке указа принимал личное участие Пётр I.
Охватывая изучение наук, языков и "знатных художеств", создаваемая Академия задумывалась одновременно и как исследовательское, и как образовательное учреждение, "чрез которое бы не токмо слава сего государства для розмножения наук нынешнем временем разпространилась, но и чрез обучение и розпложение оных польза в народе впредь была". Она делилась на три отделения ("класса") - математических наук, физических и гуманитарных (класс "гуманиора, гистория и права").
Чтобы обеспечить подготовку столь необходимых стране научных кадров, при Академии создавались Гимназия и Университет. Последний, по европейской традиции, должен был состоять из четырёх факультетов - теологического (передавался в ведение Святейшего Синода), юридического, медицинского и философского.
Первым президентом Академии был назначен Лаврентий Лаврентьевич Блюментрост, лейб-медик Петра I. Непосредственное открытие Академии произошло уже после смерти Петра, при Екатерине I, 7 января 1726 года (по старому стилю - 27 декабря 1725 года). Разместилась Академия на берегу Невы, на Васильевском острове, в изящном здании Кунсткамеры, которое и сейчас является символом Российской Академии наук.